U svojim početcima područje Jaruna bilo je uključeno u župu Marije Pomoćnice na Knežiji koja je osnovana 1937. godine. Prigradsko naselje uz Savu bilo je slabo prometno povezano s gradom. Stanovništvo je bilo siromašno i bavilo se uglavnom poljoprivredom, ali su radili i u gradu, koji se sve više razvijao. Sve su crkve bile udaljene pa su stanovnici Jaruna bili slabo uključeni u župnu zajednicu.
Na Jarunu je bila kapelica Uzvišenja Sv. Križa koja je sagrađena 1932., u kojoj se tek povremeno služila sveta misa. Župnik Dragutin Brumec, koji je uz blagdan Uzvišenja sv. Križa u Jarunu održao misu, zapisao je: “Proštenje u Jarunu ‘Sv. Križ’. Preč. g. župnik Brumec je sam održao dvije propovijedi i mise. Prilike su dolje očajne. Ljudi su kao divlji – manjka im kontakt sa župom. Svećenik se ne može s njima posebno baviti. Trebali bi nešto svojega. Osobito je mnogo dorastajuće mladeži koja ne pohađa školu, a Omladinski dom im je predaleko. Većinom su siromašni i bosi pa se srame doći u nedjelju u oratorij. Tamo u blizini kapelice bi bezuvjetno trebao jedan nedjeljni i blagdanski oratorij. Pod misom su mladići išli igrati nogomet, jer nemaju ćuta, da se mora prisustvovati sv. misi. Najbolje bi bilo, da se za Jarun i Jarun Berek osnuje nova župa…”
Proći će, međutim, dosta vremena do ostvarenja zamisli Dragutina Brumeca. Godine 1942. osnovana je župa u Rudešu, u koju je uključen i Jarun, ali je to malo utjecalo na vjernički život na Jarunu jer župa dugo neće imati ni svoje crkve ni ikakvoga drugoga sakralnog prostora. Jarun će i dalje, kao uostalom i Rudeš, biti povezan s crkvom na Knežiji. S vremenom su nakon II. svjetskog rata salezijanci u kapeli na Jarunu uveli svetu misu svake nedjelje i vjeronaučnu pouku za djecu, iako je kapelica, jer je jako mala, bila vrlo neprikladan prostor. Vjeronauk se u hladno vrijeme godine održavao u jednoj prostoriji kuće Ivana Bartolića koja je bila u susjedstvu kapele, jer se kapela nije mogla grijati.
Naselja Jarun, Gajevo, Staglišće i Vrbani naglo se povećavaju te nakon poplave ubrzo postaju gradska četvrt. Bilo je stoga nužno za život vjernika osigurati prikladan prostor, ali to nije bilo nimalo lako u totalitarnom komunističkom režimu.
Nikola Zubović salezijanski delegat za hrvatski dio tadašnje Jugoslavenske salezijanske provincije u svom dopisu predlaže kardinalu Franji Šeperu da se kupi obiteljska kuća u Pešćanskoj ulici br. 86. i osnuje nova župa. Predlagano je da nova župa bude posvećena sv. Dominiku Saviju ili Duhu Svetomu. Prijedlog je prihvaćen i izdan je dekret o osnutku župe, ali samo “pro formo civili” to jest da se mogu pravno poduzimati zahtjevi pred građanskim vlastima za župu Duha Svetoga u Jarunu 1967. S vremenom se prilike na terenu brzo mijenjaju.
Kuća u Pešćanskoj ulici nije tada kupljena jer je prostor bio planiran za drugu namjenu pa se crkva tu ne bi mogla graditi. Početkom 1968. poslana je molba Skupštini grada Zagreba za lokaciju nove župne crkve Duha Svetoga. Molba je odbijena kao i druge molbe i žalbe koje su poslije slane na razne institucije. Obrazloženje je uglavnom bilo da se ne može izdati lokacijska dozvola jer još za to područje nije donesen urbanistički plan iako su se drugi objekti gradili i dobivale građevinske dozvole. Zatražena je privremena građevinska dozvola na terenu koji su posjedovali salezijanci u Oštarijskoj ulici, ali je i na to stiglo negativno rješenje. Salezijanci su 1974. uspjeli kupiti poveću obiteljsku kuću u Galijskoj ulici . Sljedeće godine u kući je uređen bogoslužni prostor i stan za svećenike. Prostor je bio daleko od potrebnoga, ali je u odnosu na staru kapelu bio daleko bolje rješenje za bogoslužje i posebno za vjeronauk.
Dekret o osnutku župe izdan je 1975. godine. Za upravitelja župe imenovan je salezijanac Zvonko Krištić. Provincijal don Milan Litrić u dopisu Nadbiskupskom duhovnom stolu predlaže neka rješenja za formiranje župe koja je povjerena na upravu salezijancima. Granice župe od 1967.-1981. više su puta mijenjane i prilagođavane praktičnim potrebama. Ugovor između Zagrebačke nadbiskupije i Hrvatske salezijanske provincije potpisan je 1981. i po njemu su definirane granice župe: s istoka potok Črnomerec, sa sjevera od Ljubljanske avenije (poslije je taj dio Ljubljanske avenije nazvan Zagrebačka avenija), sa zapada do granice sa župom Prečko i s juga do rijeke Save. Preuzimanje župe Duha Svetoga odobrila je i Vrhovna uprava Salezijanske družbe.
Kapela u Galijskoj ulici bila je kratka vijeka. Prema planu gradnje stambenog naselja “Gajevo – Staglišće”, kuća u kojoj je bila kapela trebala je biti srušena. Općina Trešnjevka nudila je novčanu naknadu za kuću, ne držeći se obveznom osigurati novi prostor za župne aktivnosti, na što salezijanci nisu htjeli pristati. Dolazi do razgovora koji su trajali nekoliko godina. Osim kuće u Galijskoj, salezijanci su imali i građevinski teren u Oštarijskoj ulici, koji su bili spremni predati općini da se dobije prikladan prostor za gradnju crkve i pastoralnog centra. Pregovori su u političkim okolnostima kakve su bile ipak uspješno završeni i nađen je barem donekle prikladan prostor za gradnju crkve u Dugoratskoj ulici. Uz odobrenje Nadbiskupije, salezijanci su u zgradi u Pešćanskoj ulici privremeno uredili prostor za bogoslužje, dok se ne sagradi crkva.
Kamen temeljac položen je 21. studenoga 1981. godine. Prigodno slavlje predvodio je pomoćni zagrebački biskup Đuro Kokša. Sve poslove prikupljanja dokumentacije i rješavanja imovinskopravnih poslova, sklapanja ugovora s graditeljima i prikupljanja sredstava za gradnju vodili su provincijal don Milan Litrić, iskusni salezijanac u građevinskim poslovima don Petar Šimić i upravitelj župe don Zvonko Krištić. Radovi su brzo napredovali te su crkva i pastoralni centar uglavnom dovršeni do rujna 1982. godine.
Dovršenu crkvu svečano je posvetio zagrebački nadbiskup Franjo Kuharić. Osim crkve sagrađene su vjeronaučne dvorane i stanovi za svećenike i časne sestre. Na svečanost je došao vrhovni poglavar Salezijanske družbe Egidio Viganò i regionalni savjetnik R. van Severen. Uz mnoštvo vjernika na svečanosti posvete bilo je mnogo uglednih gostiju, posebno salezijanaca iz Hrvatske i Slovenije, ali nije bio župnik Zvonko Krištić, koji se teško razbolio i umro dvadesetak dana nakon posvete crkve. Dvije godine poslije oltarnu je sliku izradio Paolo Figallo Giustiniani iz Bologne.
Upravu župe s novosagrađenom crkvom i pastoralnim centrom nakon smrti Zvonka Krištića preuzeo je Milan Litrić, kojemu je te godine istekla šestogodišnja služba provincijala, a za novog provincijala imenovan je Ambrozije Matušić. Župa je bila veliko gradilište te se broj župljana stalno povećavao. U župu su se doseljavale mlade obitelji s djecom, što je otvaralo širok prostor salezijanskoga odgojno-pastoralnog rada s djecom i mladima. Uz župnika i kapelana u župu su došle sestre Klanjateljice Krvi Kristove, koje su se brinule za kućanstvo, preuzele dio vjeronaučne pouke za djecu i animirale sviranje i pjevanje u bogoslužju.
Za župnika je 1985. došao Petar Šimić, koji je u župi i prije bio prisutan u gradnji crkve, pomagao u pastoralu te jedno vrijeme bio i kapelan. U župi su već bila četiri salezijanca svećenika. Salezijanska je kuća i kanonski osnovana uz suglasnost nadbiskupa dekretom vrhovnog poglavara Egidija Viganòa 1988. U župi su pokrenute razne inicijative. Oko svećenika i sestara okupio se lijep broj župljana koji su dali svoj doprinos u župnim aktivnostima. Tako je 1989. pokrenut dobro uređen župni list Jarunska lađa. Udruženje salezijanskih suradnika osnovano je 1989.godine. Nova crkva, iako nije bila mala, postala je premala za sve veći broj župljana. Na Vrbanima, nešto udaljenijem dijelu župe, gradio se čitav niz zgrada. Kao dalekovidan i snalažljiv salezijanac, don Petar Šimić iskoristio je mogućnost i u jednoj zgradi na Vrbanima 1988. kupio dosta velik prostor koji je uređen i u njemu je otvoren novi pastoralni centar. Na inicijativu župnika Petra Šimića u Otavičkoj ulici kupljena je obiteljska kuća za sestre Kćeri Marije Pomoćnice kako bi mogle u salezijanskoj župi lakše pokrenuti svoje odgojno-pastoralne aktivnosti i surađivati sa salezijancima u župnom pastoralu i katehiziranju. Sestre su do tada bile u Mirkovečkoj ulici, u župi sv. Marka Križevčanina. Dolaskom sestara Kćeri Marije Pomoćnice u župu, iz župe su otišle sestre Klanjateljice Krvi Kristove.
Na Jarunu je osamdesetih godina 20. stoljeća uz jezero uređen športsko-rekreacijski centar koji postaje okupljalište građana. Do velikih političkih i društvenih promjena dolazi 1990. godine. Pada komunistička diktatura i Hrvatska postaje samostalna država. Crkva dobiva slobodu rada i osnivanja vlastitih ustanova. Župna crkva Duha Svetoga, teško pristupačna zbog uskih ulica i stisnuta među obiteljskim kućama i stambenim zgradama, nije mogla u novim uvjetima ni izdaleka zadovoljiti potrebe vrlo velike župe. Župnik don Petar Šimić sa suradnicima u župi 1990. pokreće inicijativu za gradnju pastoralnog centra mladih na Jarunu. Taj bi centar osim sakralnog prostora trebao imati prostor i za druge športske, kulturne i rekreativne susrete mladih. Zamisao gradnje pastoralnog centra mladih podupirala je i uprava Hrvatske salezijanske provincije, što se vidi iz dopisa provincijala Mirka Barbarića regionalnomu savjetniku Albertu van Heckeu. Gradske su vlasti na dopis dale pozitivno mišljenje naznačujući gdje bi se prema urbanističkom planu grada zamišljeni centar mogao graditi.
Ratno stanje, koje je počelo 1991., odužilo se. Zamisao o gradnji pastoralnog centra za mlade počinje dobivati novi vid. U Domovinskom ratu mnogi su proživjeli teške traume, muke i gubitke. Suočen s bolnim iskustvima mnogih obitelji, don Petar Šimić iznosi ideju gradnje nacionalnog svetišta u spomen na poginule u Domovinskom ratu. Inicijativa je dobro primljena u društvenim i crkvenim krugovima. Prihvaćen je prijedlog kardinala Franje Kuharića da nova crkva bude posvećena Majci Božjoj pod nazivom “Sveta Mati Slobode”, prema zazivu iz trsatskih litanija iz 16. stoljeća. Potporu gradnji dao je i predsjednik Republike Hrvatske dr. Franjo Tuđman. Uprava Hrvatske salezijanske provincije poduprla je zamisao i opunomoćila don Petra Šimića promicateljem i koordinatorom gradnje. Dobiven je teren na vrlo prikladnome mjestu nedaleko od Jarunskog jezera i započelo je prikupljanje dokumentacije. Prihvaćen je nacrt arhitekta Nikole Bašića. Za gradnju toga velebnog objekta pokrenuta je, u domovini i u inozemstvu, široka akcija prikupljanja novčanih sredstava.
11. studenog 1995. postavljen je kamen temeljac kojeg je blagoslovio kardinal Franjo Kuharić, a 12. studenog 2000. nakon punih pet godina izgradnje, zagrebački nadbiskup Josip Bozanić posvetio je crkvu i oltar. Od 1. kolovoza 2009. uprava župe Duha Svetoga prenesena je u crkvu Sveta Mati Slobode u kojoj su mnogo veći i prikladniji prostori i bolje mogućnosti za pastoralno djelovanje, a crkva Duha Svetoga ostaje kao filijala.