Josip Kowalski rodio se u mjestu Siedliska kod Rzeszówa (Poljska) 13. ožujka 1911. od oca Wojcieha i majke Zofije Borowiec kao sedmo od devetero djece. Roditelji su bili praktični vjernici, imućni poljodjelci. Nakon osnovne škole, Josipa su upisali u salezijanski konvikt u Oswięncimu (Auschwitz) gdje se od samog početka isticao kao dobar, vedar i ljubazan učenik.

Postao je članom dviju duhovnih udruga: Družbe Bezgrešne i Misijske družbe, kojoj je uskoro postao i predsjednikom. Mladić se jednostavno zaljubio u Don Bosca i njegovu karizmu, prednjačeći posvuda dobrim primjerom: u radosnoj animaciji blagdana i praznika, u apostolatu među vršnjacima, a osobito u brižno njegovanoj duhovnosti. Kao mladi student pisao je dnevnik u kojem su vidljivi brojni tragovi njegove pobožnosti prema Mariji Pomoćnici i Euharistiji. „O Majko moja, osjećam da trebam biti svet, jer je to moja sudbina. Isuse, tebi darujem svoje siromašno srce (…). Ne dopusti da se od tebe ikada odijelim. Daj da ti ostanem vjeran do smrti. Radije bih umro nego tebe uvrijedio i najmanjim grijehom. Moram biti svet salezijanac kao što je bio moj duhovni otac Don Bosco.“ Prve zavjete položio je 1928. u Czerwinsku, a za svećenika je zaređen 29. svibnja 1938. u Krakowu. Iste je godine imenovan provincijalovim tajnikom. U župi je vodio zbor mladih i brinuo se za djecu s poteškoćama.

Kada je Njemačka 1939. okupirala Poljsku, salezijanci su nastavili s odgojnim radom, a kako se Josip u tom radu isticao revnošću, Gestapo ga je s još 11 drugova salezijanaca uhitio u Krakowu  23. svibnja 1941. godine. U početku je bio u mjesnom zatvoru Montelupich iz kojega je 26. srpnja 1942. premješten u koncentracijski logor u Auschwitz kao zatvorenik pod brojem 17350. U zatvoru je potajno ispovijedao, služio sv. misu, molio krunicu i držao predavanja o Don Boscu. Zatvorenicima je jačao volju da se bore kako bi preživjeli. Kad su otkrili da nosi krunicu, zatražili su da je baci i pogazi, a kako je on to odbio, započeo je progon uz brojna zlostavljanja sve do mučeništva koje je podnio 4. lipnja 1942. Tijelo mu je najprije bačeno u zahodsku jamu, a zatim spaljeno u krematoriju. Njegovi su ga mještani počeli štovati kao zagovornika duhovnih zvanja, što je izrazio i papa Ivan Pavao II osobno se zanimajući za njegov proces proglašenja svetim kao i procese drugih poljskih mučenika. Josipa Kowalskog i njegove prijatelje mučenike isti je papa proglasio blaženima u Varšavi 13. lipnja 1999. godine.